Η πρόσφατη βιβλιογραφία, τόσο η διεθνής όσο και η ελληνική, έχει αποδείξει τη λειτουργική σημασία της πειρατείας ως αναπόσπαστου φαινομένου της πολιτικής και οικονομικής ζωής της Μεσογείου ανά τους αιώνες.

Ειδικότερα για την περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου, είναι εμφανής η διασύνδεση της πειρατείας στη θάλασσα με τις τοπικές οικονομίες και την εμπορική διακίνηση στη στεριά. Η πειρατεία στον μεσογειακό κόσμο αποτελεί την αρχαιότερη καταγεγραμμένη εμφάνιση του φαινομένου της πειρατείας, δηλαδή της καταλήστευσης πλοίων και πόλεων από ένοπλες ναυτικές ομάδες. 

Η λειτουργία της πειρατείας ως μέσου για τη συσσώρευση κεφαλαίου που στη συνέχεια επενδυόταν σε άλλου είδους δραστηριότητες και η αξιοποίησή της ως συμπληρωματικού κρυφού όπλου για την καταστροφή του αντίπαλου στόλου αλλά και για την οικονομική αιμορραγία του εχθρού σε καιρό ειρήνης. Γίνεται αντιληπτό λοιπόν ότι η πειρατεία επί της ουσίας, λειτουργούσε ως την αιχμή του δόρατος ενός ακήρυχτου πολέμου ή όπως χαρακτηριστικά αναφέρει ο Braudel Fernan  « η πειρατεία αποτελούσε τη συμπληρωματική μορφή ενός μεγαλύτερου πολέμου.»

Ο κόσμος της πειρατείας είναι ανοιχτός και απεριόριστος, όσο και ο κόσμος της θάλασσας. Η πειρατεία και η θάλασσα συμπλέκονται και συνυπάρχουν σε συνεχή ρευστότητα. Οι ελεύθερες κοινωνίες που δημιουργούνται στο υδάτινο στοιχείο, δεν υπακούν σε καθορισμένο νομικό πλαίσιο και δεν αποδέχονται την παγίωση κανόνων.

Στα τέλη του 16ου αιώνα χριστιανοί πειρατές έκαναν την εμφάνισή τους στην ανατολική Μεσόγειο, ασκώντας πειρατεία παράλληλα με μουσουλμάνους, Βέρβερους και Οθωμανούς. Οι χριστιανοί κουρσάροι βρίσκονταν συνήθως στην υπηρεσία του πάπα, των Ισπανών αντιβασιλιάδων της Νάπολης και της Σικελίας, καθώς και των Μεδίκων της Φλω­ρεντίας. Πρέπει να σημειωθεί ότι οι Μέδικοι της Φλωρεντίας χρηματοδότησαν πάρα πολλές κουρσάρικες επιδρομές ενάντια στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Κινητήρια δύναμη σε αυτές τις επιδρομές υπήρξε το Τάγμα του Αγίου Στεφάνου, που ιδρύθηκε το 1561 στην Πίζα και το χρημα­τοδοτούσε με προσωπικά του κεφάλαια ο εκάστοτε Δούκας της Φλωρεντίας. Το 1608 τα λάφυρα μόνο των οκτώ ιστιοφόρων της Φλωρεντίας ανέρχονταν στο  αστρονομικό ποσό του ενός εκα­τομμυρίου δουκάτων. Αξιοσημεί­ωτο είναι το γεγονός ότι η Μεγάλη Δούκισσα Χριστίνα, πριγκίπισσα της Λορένης, χρησιμοποίησε όλα τα χρήματα της προίκας της για την κατασκευή ιστιοφόρων, που θα ταξίδευαν και θα κούρσευαν με τα προσωπικά της εμβλήματα. Η πειρατεία αποτελούσε εκείνη την εποχή εξαιρετικά κερδοφόρα επένδυση και ταυτόχρονα το δούρειο ίππο για την οικονομική αποδυνάμωση της Οθωμανικής αυτοκρατορίας.

Την ίδια τακτική ακολούθησαν και οι Ισπανοί αντιβασιλείς της Νάπολης και της Σικελίας. Κύριος εκφραστής αυτής της πολιτικής υπήρξε ο Δον Πέδρο Τελέζ Γκιρόν, ο Δούκας της Οσούνας. Κατά τη δεκαετή θητεία του ως αντιβασιλέας της Νάπολης δημιούργησε ίσως τον μεγαλύτερο χριστιανικό κουρσάρικο στόλο της εποχής και τον χρηματοδοτούσε ο ίδιος. Στη Νάπολη είχε συγκεντρωθεί η αφρόκρεμα των χριστιανών κουρ­σάρων. Οι επιδρομές του στο αρ­χιπέλαγος δεν είχαν στόχο μόνο το κέρδος, αλλά και την πρόκληση όσο το δυνατόν περισσότερων ζημιών στην Οθωμανική Αυτο­κρατορία, με την παράλυση του εμπορίου της και την αύξηση του κύρους της Ισπανίας σε ολόκληρη τη Μεσόγειο. Ο Δον Πέδρο Τελέζ Γκιρόν είχε αποκτήσει τόσο με­γάλη δύναμη, που προσπάθησε ακόμα και να καταλάβει την ίδια τη θαλασσοκράτειρα  Βενετία· την τελευταία στιγμή όμως τα σχέδια του αποκαλύφθη­καν. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε και την αιτία της πτώσης του, με αποτέλεσμα την σταδιακή υποχώρηση της Ισπανικής παρουσίας στην Ανατολική Μεσόγειο.

Αξίζει να σημειωθεί ότι τόσο ο Δούκας της Τοσκάνης όσο και ο αντιβασιλέας της Νάπολης είχαν στενές σχέσεις με το ελληνικό στοιχείο. Οι εντολές που έδιναν στους καπετάνιους των πλοίων τους ήταν σαφείς: να μην επιτί­θενται σε ελληνικά πλοία ούτε να πλήττουν τα χωριά και τις περιου­σίες των Ελλήνων. Αντίθετα μάλι­στα, τους παρότρυναν να παρέ­χουν στους Έλληνες κάθε δυνατή βοήθεια και να καλλιεργούν το επαναστατικό πνεύμα τους ενάντια στους Τούρκους. Δεν είναι λίγες οι καταγραφές που αναφέρουν ότι ισπανικές γαλέρες αλλά και γαλιόνια της Φλωρεντίας εφοδία­σαν τους κατοίκους της Μάνης με μπαρούτι, αρκεβούζια και άλλα πο­λεμοφόδια. Η πολεμική ενίσχυση που πρόσφεραν όμως στη Μάνη­εκρυβε μια μυστική ατζέντα: είχαν την ελπίδα ότι οι Μανιάτες τελικά θα απογοητεύονταν από τις συνεχείς συγκρούσεις και θα μετανάστευαν στην Τοσκάνη και στη Νάπολη. Στις εν λόγω περιοχές υπήρχε μεγάλη ανάγκη για εργατικά χέρια, προκει­μένου να καλλιεργηθούν τα χωρά­φια και να αρχίσουν να αποδίδουν. Το σχέδιο τους όμως δεν πραγμα­τοποιήθηκε. Εξάλλου, η πολιτική της Βενετίας ήταν αντίθετη, καθώς επιδίωκε την παραμονή των Μα­νιατών στην πατρίδα τους, επειδή οι Βενετοί χρησιμοποιούσαν τα λι­μάνια τους για ανεφοδιασμό και ως καταφύγιο. Επίσης, συχνά πυκνά κατέφευγαν στη Μάνη για να επαν­δρώσουν τις γαλέρες τους.

Παρά την έντονη πειρατική δρά­ση στα επόμενα τριάντα χρόνια μέ­χρι τις αρχές του 17ου αιώνα, ξεκίνησε πιο συστηματικά ο επανεποικισμός των νησιών από χριστιανι­κούς, ελληνικούς και αλβανικούς πληθυσμούς, με πρωτοβουλία κατά κύριο λόγο της Πύλης, κα­θώς και η οικιστική ανοικοδόμη­ση στο Αιγαίο. Εκείνη την περίοδο οι κάτοικοι των νησιών άρχισαν να παίρνουν κάποια μέτρα προστασί­ας για να μπορούν να προφυλάσ­σονται από τις πειρατικές επιδρο­μές και τον Οθωμανικό στόλο. Απομακρύνθηκαν από τα πα­ράλια και μετοίκησαν στα βουνά, ώστε να έχουν τη δυνατότητα να διακρίνουν καλύτερα την έλευση πειρατικών πλοίων. Επίσης, για την καλύτερη προστασία τους άρχισαν να χτίζουν κάστρα. Συνή­θως ήταν μικρά και μπορούσαν να φιλοξενήσουν περιορισμένο αριθ­μό κατοίκων. Με την πάροδο του χρόνου όμως έγιναν μεγαλύτερα και μπορούσαν να συντηρήσουν σχεδόν όλους τους κατοίκους του εκάστοτε νησιού για αρκετά μεγάλο χρονικό διάστημα. Λόγω του περιορισμένου χώρου των κά­στρων, οι κάτοικοι έχτιζαν ψηλές κατοικίες και οι δρόμοι ήταν στε­νοί για οικονομία χώρου. Ένα άλλο μέτρο που λάμβαναν οι νησιώτες ήταν ότι έχτιζαν τα χωριά τους με μια ιδιαίτερη αρχιτεκτονική, ώστε οι εξωτερικοί τοίχοι των σπιτιών να σχηματίζουν οχυρωμένα τείχη. Μέσα στον οικισμό υπήρχαν πολ­λά στενά και δαιδαλώδη δρομά­κια, τα οποία οι κάτοικοι γνώριζαν καλά, όχι όμως και οι επιδρομείς. Επίσης, οι κάτοικοι έσκαβαν κρύ­πτες στα σπίτια τους και έκρυβαν εκεί τα πολύτιμα αγαθά τους ή κρύβονταν και οι ίδιοι για να μη συλληφθούν από τους πειρατές.

Πολλά νησιά του Αιγαίου γνώ­ρισαν πρωτοφανή άνθηση, διότι αναδείχθηκαν ως σταθμοί μετα­πρατικού εμπορίου, καθώς και ορμητήρια για τους πειρατές και τους κουρσάρους που δρούσαν στο αρχιπέλαγος. Οι κοινότητες των νησιών και των παραθαλάσ­σιων περιοχών, αν δεν ασκούσαν οι ίδιες πειρατεία, συνεργάζονταν με τους πειρατές προσφέροντας ασφαλές καταφύγιο, φτηνή δια­σκέδαση και αγορά για τα προϊό­ντα της πειρατείας. Η Μήλος απο­τελεί χαρακτηριστικό παράδειγ­μα. Ήταν το σημαντικότερο λιμάνι στο Αιγαίο, ένα από τα κυριότερα κέντρα πειρατικού εμπορίου, και χρησιμοποιήθηκε αποκλειστικά από χριστιανούς κουρσάρους και πειρατές. Η Μήλος αποτελούσε ταυτόχρονα και ένα από τα βασι­κότερα πειρατικά ορμητήρια των Κυκλάδων. Η δύναμη που απέκτη­σε ήταν τέτοια, ώστε όταν το 1670 ο οθωμανικός στόλος προσπάθη­σε να αποκαταστήσει την τάξη στο νησί, εκδιώχθηκε από τους ίδιους τους πειρατές. Δεν είναι τυχαίο ότι η Μήλος κατάφερε να ανακηρυ­χθεί το μοναδικό πειρατικό κρά­τος στον κόσμο, υπό την εξουσία του διαβόητου Ιωάννη Καψή. Στις αρχές του 17ου αιώνα έμποροι, μικροτραπεζίτες αλλά και μεγάλες εμπορικές επιχειρήσεις της Ευρώ­πης έστελναν εκεί αντιπροσώπους για να διαπραγματευτούν την αγο­ρά των προϊόντων της πειρατείας σε εξαιρετικά χαμηλές τιμές.

Τα κυριότερα λάφυρα της πει­ρατείας ήταν οι άνθρωποι γιατί μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν ως κωπηλάτες στις γαλέρες, να πουληθούν ως σκλάβοι ή να εξαγο­ραστούν από τους συγγενείς τους, ειδικά εάν ήταν εύπορα πρόσωπα. Πρέπει να τονιστεί ότι η εξαγορά των αιχμαλώτων ήταν μία από τις πιο επικερδείς επιχειρήσεις εκείνη την εποχή. Αυτή ήταν και η αιτία που συγκροτήθηκαν ειδικά ταμεία από τους Έλληνες, για να μπορούν να προσφέρουν το αντίστοιχο χρη­ματικό ποσό («σκλαβιάτικα») για την εξαγορά των αιχμαλώτων. Στη δυτική Ευρώπη είχαν δημιουργη­θεί εταιρείες για την εξαγορά αιχμαλώτων από τους πειρατές. Όταν ένας σκλάβος κατάφερνε να πλη­ρώσει τα λύτρα που του ζητούσαν, τότε απελευθερωνόταν και του χο­ρηγούσαν ένα πιστοποιητικό («τεσκερές»), με το οποίο ο ιδιοκτήτης του σκλάβου βεβαίωνε ότι είχε λά­βει τα λύτρα.

Σημαντικά λάφυρα επίσης ήταν τα ζώα και οι σοδειές, γιατί μπο­ρούσαν να εκποιηθούν άμεσα και ταυτόχρονα να θρέψουν το πλήρω­μα του εκάστοτε πειρατικού πλοί­ου. Άλλη αξιόλογη λεία ήταν τα εμπορεύματα, ιδιαίτερα τα πολύ­τιμα, που μετέφεραν τα εμπορικά πλοία. Βέβαια, οι πειρατές που τα άρπαζαν δεν μπορούσαν να απο­κομίσουν κέρδος ανάλογο με την αξία τους. Ο κυριότερος λόγος ή­ταν ότι επιθυμούσαν να βγάλουν το κέρδος της λείας τους γρήγορα, με αποτέλεσμα να εκποιούν τα εμπο­ρεύματα σε πολύ μικρότερη τιμή από την πραγματική τους αξία.

Ο 17ος αιώνας χαρακτηρίζεται από τη μεγάλη βενετοτουρκική σύγκρουση, με επίκεντρο πλέον την Κρήτη, που βρισκόταν υπό βενετική κατοχή και αποτελούσε την τελευταία μεγάλη κτήση της Βενετίας. Η Κρήτη κατακτήθηκε γρήγορα από τους Οθωμανούς, αλλά η τελευταία ελεύθερη πόλη της, ο περίφημος Χάνδακας, πολι­ορκήθηκε για είκοσι πέντε ολόκλη­ρα χρόνια, μέχρι ο Μοροζίνι να συνθηκολογήσει και να τον παραδώσει στους Οθωμανούς. Η πολιορκία του Χάνδακα έγινε για την Ευρώπη σύμβολο της αντίστασης κατά του οθωμανικού επεκτατισμού, ενώ αποτελεί και τη μακροβιότερη πο­λιορκία στην ιστορία. Στο πλαίσιο των βενετοτουρκικών πολέμων πολλοί πειρατές και κουρσάροι, ανάμεσά τους και Έλληνες νησιώ­τες, επετίθεντο και στις δύο αντι­μαχόμενες δυνάμεις, ανάλογα με τα συμφέροντά τους, γεγονός που αποτέλεσε ένα νέο είδος ναυτικού πολέμου στο Αιγαίο.

Το 17ο αιώνα τρεις κυρίαρχες δυ­νάμεις λειτουργούσαν παράλληλα και ανταγωνιστικά, προσπαθώντας να κερδίσουν το έπαθλο που λεγό­ταν αρχιπέλαγος: οι Οθωμανοί, οι Βενετοί και οι πειρατές. Αυτή η ρευστή κατάσταση διαμόρφωσε ένα πλαίσιο αυτονομίας για τα νη­σιά του Αιγαίου· αναπτύχθηκε ένα διανησιωτικό πλέγμα επικοινωνίας και εμπορικής κίνησης, που συνυ­πήρχε με την πειρατεία. Με την οριστική λήξη των βενετοτουρ-κικών πολέμων το 1699 με τη Συν­θήκη του Κάρλοβιτς, άρχισε και η οικονομική και οικιστική ανάπτυ­ξη του Αιγαίου. Η πειρατεία εξακο­λουθούσε να υφίσταται, φαίνεται όμως ότι είχε ενταχθεί σε μεγάλο βαθμό στην οικονομική και κοινω­νική πρακτική και νοοτροπία των αιγαιοπελαγίτικων κοινοτήτων.

Τον 18ο αιώνα στόχος των χρι­στιανών κουρσάρων, με πρωτο­στάτη την Αγγλία, δεν ήταν πλέον οι μουσουλμάνοι αλλά τα γαλλικά εμπορικά πλοία, τα οποία συνερ­γάζονταν στο εμπόριο με την Οθω­μανική Αυτοκρατορία και κυριαρ­χούσαν. Ταυτόχρονα, η Ρωσία προ­ωθούσε τα επεκτατικά σχέδιά της προς τον Νότο, εις βάρος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Γι’ αυ­τόν τον σκοπό χρησιμοποιούνταν και Έλληνες νησιώτες ως κουρσά­ροι. Η Γαλλία βρισκόταν στο μάτι του κυκλώνα, καθώς τα υπόλοιπα ευρωπαϊκά κράτη δημιουργούσαν συμμαχίες προσπαθώντας να δια­κόψουν τη συνεχώς εντεινόμενη επεκτατική πολιτική των Γάλλων. Παράλληλα, και η ίδια η φύση της πειρατείας άλλαξε· στόχος πλέον ήταν κατά κύριο λόγο τα πλοία εν κινήσει και τα εμπορεύματά τους και όχι οι άνθρωποι με προορισμό την υποδούλωση. Καταλυτικό ρό­λο σε αυτό έπαιξε η διάδοση του ιστιοφόρου, γεγονός που ανέκο­ψε τη ζήτηση για κωπηλάτες στις γαλέρες.

Από τις αρχές του 18ου αιώνα, υπό αυτές τις νέες συνθήκες, ανα­πτύχθηκε μια νέα εμπορική και ναυ­τική τάξη που λειτουργούσε στα ό­ρια μεταξύ εμπορίου και πειρατείας στις αιγαιοπελαγίτικες κοινότητες. Αυτή ανέλαβε και τον πολιτικό έ­λεγχο των κοινοτήτων στο πλαίσιο της αυτοδιοίκησης. Στα τέλη του 18ου αιώνα εκμεταλλεύτηκε τις ρωσοτουρκικές και αγγλογαλλικές συγκρούσεις, και με την εμπορική και πειρατική της ιδιότητα σχεδόν μονοπωλούσε την εμπορική κίνη­ση στο Αιγαίο και στην ανατολική Μεσόγειο μέχρι το τέλος των Να­πολεόντειων Πολέμων.

Οι Έλληνες μέσα από την πειρα­τεία κατόρθωσαν να αποκτήσουν τα απαραίτητα κεφάλαια για να μπορέσουν να κατασκευάσουν μεγάλα ιστιοφόρα, κάτι που δεν τους επέτρεπε η Πύλη. Αυτά τα πλοία τα χρησιμοποίησαν κυρίως για εμπόριο, δημιουργώντας έναν από τους μεγαλύτερους εμπορι­κούς στόλους της Μεσογείου. Ως έμποροι, ρίσκαραν συνεχώς ανα­λαμβάνοντας μεταφορές που οι ξένοι ανταγωνιστές τους δεν τολ­μούσαν να πραγματοποιήσουν. Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι έσπαγαν τον αγγλικό αποκλεισμό των γαλλικών και των ισπανικών α­κτών συνεχώς και τους εφοδίαζαν με τρόφιμα, αποκομίζοντας τερά­στια κέρδη.

Πρέπει να τονιστεί ότι η πειρα­τεία πρόσφερε στους Έλληνες την πολεμική πείρα και τα απαραίτητα κεφάλαια, ώστε να είναι άκρως ε­τοιμοπόλεμοι για την Επανάσταση του 1821. Μέσα από την πειρατεία προέκυψαν η ελληνική ναυτιλία και το ελληνικό εμπόριο. Οι Έλλη­νες πειρατές ασκούσαν πειρατεία με σκληρότητα αλλά ταυτόχρονα με φαντασία και μεράκι. Η σχεδόν μυθιστορηματική πολλές φορές δράση τους δεν παύει να ασκεί μια έντονη γοητεία. Με την πτώση της Κωνσταντινούπολης το 1453, οι Έλληνες έπρεπε να αντισταθούν στους Οθωμανούς κατακτητές για να διασφαλίσουν την ύπαρξή τους, και μια μορφή αντίστασης που επέλεξαν ήταν και η πειρατεία.